土壤污染直接影響食品原料的品質。環境中的污染物通過生態循環終將都會進入土壤，對食品原料的生長、加工、食用等過程都有影響。污染的土壤生產出的農副產品進入食物鏈，終將進入人體,對人體健康造成嚴重損害。

在土壤污染造成的食品安全問題中，以鉛、砷、鎘、汞等重金屬造成的食物污染極為嚴重。

鉛中毒能造成人體造血機能、神經系統和腎臟的損傷，引發口臭、嘔吐、腸胃絞痛、消化性潰瘍、便秘等癥狀;砷中毒就可能導致皮膚癌、肺癌、結腸癌、膀胱癌等。砷還可導致胎兒畸形，出現角質皮膚色素沉著、發冷、黑腳病等病癥;鎘中毒后會損害腎臟，影響呼吸系統健康，并造成鈣等營養素的流失;汞中毒會增高人體的血壓，增加成人心臟病突發的危險。汞還是引起免疫系統疾病的根源之一，如果孕期、哺乳期婦女汞中毒，就會間接影響胎兒、嬰兒的身體健康。